Do roku 2005 gdańskie schronisko dla zwierząt mieściło się przy ul. Madalińskiego. Jego stan techniczno-sanitarny wzbudzał wiele emocji, mnożyły się skargi okolicznych mieszkańców na zagrożenia sanitarno-epidemiologiczne, hałas, zapach, olbrzymie ilości grasujących gryzoni, a zwłaszcza szczurów, notorycznie uciekające przez zniszczone ogrodzenia zwierzęta. W związku z tym powstała nagląca konieczność budowy nowego schroniska w lokalizacji nie wzbudzającej protestów sąsiedztwa. Spośród kilkunastu propozycji przyjęto projekt budowy obiektu w dzielnicy Kokoszki. Zakładał on powstanie kompleksu spełniającego wszelkie wymagania nowoczesnego schroniska, przystosowanego do świadczenia opieki nie tylko nad zwierzętami towarzyszącymi (psy, koty), ale również m. in. gospodarskimi. Pożar w schronisku oruńskim (październik 2002 r.), gdzie spłonęło zaplecze weterynaryjne, magazyny, kuchnia przyspieszył prace związane z budową i przenosinami zwierząt do nowego obiektu. Wobec wyższej konieczności zabezpieczenia ich podstawowych potrzeb postanowiono jak najszybciej dokończyć budowę nowego schroniska kosztem rezygnacji z części zaplanowanej infrastruktury. Działalność placówki w nowej lokalizacji rozpoczęła się w maju 2005 roku. W związku z wątpliwościami dotyczącymi obsługi schroniska (m.in. stanu infrastruktury, dobrostanu zwierząt) przez operatora władze Miasta postanowiły włączyć Schronisko w struktury MOZW, co stało się faktem 01 marca 2006.Tym samym Schronisko zaczęło działać jako jednostka budżetowa, finansowana ze środków gminy.